L'éducation primaire est subdivisée en trois niveaux de deux ans chacun : le niveau préparatoire, le niveau élémentaire et le niveau moyen. En 1992, le pays comptait 2587 écoles primaires, mais des efforts remarquables sont fournis pour augmenter le nombre de salles de classe. L'éducation primaire est sanctionnée par le diplôme du C.E.P (le Certificat d'Étude Primaire).

L'éducation secondaire est organisée en deux cycles de quatre et trois ans. La fin de chaque cycle est aussi sanctionnée par un diplôme. L'enseignement au secondaire comprend : l'enseignement général, l'enseignement technique et la formation professionnelle qui inclut la formation des professeurs et des maîtres. Nombre d' établissements scolaires au Burkina Faso sont publics, mais depuis quelque temps on assiste à une floraison d'établissements privés.

Le Burkina Faso possède trois universités d'une capacité totale d'environ 10 000 étudiants: L'université de Ouagadougou, fondée en 1974, L'Université Polytechnique de Bobo Dioulasso, ouverte pendant l'année scolaire 1995-1996 et l'École Normale Supérieure de Koudougou, fondée en 1997.